CA 10.7 parallel Debian7 - make ptscotch

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9 years 1 month ago - 9 years 1 month ago #6643 by MGolbs
Hallo Richard,

danke für den Tipp.

Makefile.inc original
CCD = gcc


nun mit

Makefile.inc geändert
CCD = gcc -I /usr/lib/openmpi/include


läuft der Compiler durch.

Beim ScaLAPACK Test kommt folgender Fehler:

Compiling test routines... done
Running BLACS test routines...

BLACS: error running BLACS test routines xCbtest


BLACS: Command -np 4 ./xCbtest
stderr:
****************************************
/bin/sh: 1: -np: not found

****************************************


Hat das was mit /bin/sh und /bin/bash zu tun? Ist der Testabbruch für CA kritisch?


Beim mumps habe ich die bestehende Makefile.inc im Ordner duch die mumps-Makefile.inc ersetzt . Damit lief der Compiler durch.

Wie wichtig ist das Anpassen der "profile.sh" im Code-Aster Verzeichnis? Eine default Version liegt ja schon drin.


Der Rest der Anleitung lief prima. Kompliment an die Entwickler!

Ich habe nun PAR10.7 auch im ASTK verfügbar.

Gilt die Parallelität pro Maschine oder auch im Zusammenschluss von Rechnern?

Gruß und vielen Dank!!!!

Markus

Dem Überflüssigen nachlaufen, heißt das Wesentliche verpassen.
Jules Saliège
Last edit: 9 years 1 month ago by MGolbs.

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9 years 1 month ago - 9 years 1 month ago #6644 by MGolbs
Hallo,

leider war die parallele Installation doch nicht so erfolgreich. Ein Modell mir ASTK stable läuft, mit Par10.7 nicht. "File not found..." In /opt/aster/PAR10.7/ fehlt die Datei Elements.

Hat das was mit dem Fehler von..

BLACS: error running BLACS test routines xCbtest


BLACS: Command -np 4 ./xCbtest
stderr:
****************************************
/bin/sh: 1: -np: not found

****************************************
golbs@debian7-cae:/opt/scalapack_installer_1.0.2$


zu tun?

###############################################
Client name : debian7-cae.vsd
Username : golbs


Server name : debian7-cae.vsd
Username : golbs
Node : debian7-cae
Platform : LINUX64
Code_Aster version : /opt/aster/PAR10.7
Time (min) : 200000
Memory (MB) : 200000.0
Number of processors : 1 (OpenMP)
Number of nodes : 1 (MPI)
Number of processors : 8 (MPI)
Mode : interactif
Debug mode : nodebug
BTC script : generated
Version ASTK Server : 1.10.5
Version ASTK Client : 1.10.5
###############################################

<A>_ALARM /opt/aster/PAR10.7 is not a MPI version of Code_Aster. The number of nodes/processors asked will be ignored.


Code_Aster execution

<INFO> prepare environment in /tmp/golbs-debian7-cae-interactif.5714-debian7-cae
adding a symbolic link /tmp/golbs-debian7-cae-interactif.5714-debian7-cae/asteru to /opt/aster/PAR10.7/asteru...
[ OK ]
<INFO> no catalogue found for language 'en', use standard (fr) one...
adding a symbolic link /tmp/golbs-debian7-cae-interactif.5714-debian7-cae/Python/Cata/cata.py to /opt/aster/PAR10.7/commande/cata.py...
[ OK ]
adding a symbolic link /tmp/golbs-debian7-cae-interactif.5714-debian7-cae/Python/Cata/cata.pyc to /opt/aster/PAR10.7/commande/cata.pyc...
[ OK ]
copying .../PAR10.7/elements... [ OK ]

Copying datas

copying .../system/2012-11-26-modalDOF_equn.comm...
[ OK ]
copying .../system/2012-11-02-System.unv...
[ OK ]
` line terminators have been removed from fort.19
<INFO> Parameters : memory 200000 MB - time limit 12000000 s

Content of /tmp/golbs-debian7-cae-interactif.5714-debian7-cae before execution

insgesamt 37656
drwx
5 golbs golbs 4096 Dez 19 21:31 .
drwxrwxrwt 11 root root 4096 Dez 19 21:31 ..
-rw-r--r-- 1 golbs golbs 1504 Dez 19 21:31 5714-debian7-cae.export
lrwxrwxrwx 1 golbs golbs 25 Dez 19 21:31 asteru -> /opt/aster/PAR10.7/asteru
-rw-r--r-- 1 golbs golbs 6581 Dez 19 21:31 config.txt
-rw-r--r-- 1 golbs golbs 18022408 Dez 19 21:31 elem.1
-rwxr-xr-x 1 golbs golbs 15587 Dez 19 21:31 fort.1.1
-rw-r--r-- 1 golbs golbs 20483095 Dez 19 21:31 fort.19
drwxr-xr-x 22 golbs golbs 4096 Dez 19 21:31 Python
drwxr-xr-x 2 golbs golbs 4096 Dez 19 21:31 REPE_OUT
drwxr-xr-x 2 golbs golbs 4096 Dez 19 21:31 RESU_ENSIGHT


Code_Aster run

<INFO> Command line 1 :
<INFO> ./asteru Python/Execution/E_SUPERV.py -eficas_path ./Python -commandes fort.1 -max_base 500000 -num_job 5714-debian7-cae -mode interactif -ORBInitRef NameService=corbaname::caelinux-ha-2583:2810 -rep_outils /opt/aster/outils -rep_mat /opt/aster/STA10.7/materiau -rep_dex /opt/aster/STA10.7/datg -suivi_batch -memjeveux 25000.0 -tpmax 12000000

Version séquentielle de Code_aster
==========================================
==========================================

....


Die Datei "elements" aus der sequentiellen Version läßt den Solver erst einmal laufen.

Was könnte ich da tun?


Gruß und Dank Markus

Dem Überflüssigen nachlaufen, heißt das Wesentliche verpassen.
Jules Saliège
Last edit: 9 years 1 month ago by MGolbs.

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9 years 1 month ago #6645 by RichardS
Replied by RichardS on topic Re: CA 10.7 parallel Debian7 - make ptscotch
Hallo Markus,
ich denke nicht, dass es etwas BLACS zu tun hat.
Wurde in den DEFS des code_aster config files _USE_MPI definiert?

Versuchs mal mit:
opt/aster/bin/as_run --vers=PAR10.7 --make clean
opt/aster/bin/as_run --vers=PAR10.7 --make

Und poste den output sowie dein config.txt.

Gruß,
Richard

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9 years 1 month ago - 9 years 1 month ago #6647 by MGolbs
Hallo Richard,

leider kommt dann auch noch ein Abbruch, wieder bei Elements.

Wo soll die config.txt liegen? Unter /opt ist nichts zu finden.



File Attachment:

File Name: 2012-12-20...t.tar.gz
File Size:2 KB


Ich habe bei den Testläufen mit der sequentiellen Version von 10.7 aus der parallelen Installation ganz eigenartige Effekte bezüglich PREC_SHIFT=... und SEUIL_FREQ= gehabt. Das typische Verhalten bezüglich Annäherung... entartete direkt.

Zum Test habe ich auf den Rechner noch ein SalomeMeca 2012.2 mit 10.7 installiert. Das identische Modell lief absolut problemlos und zeigte die Fehler nicht. Hier der eigenartige Fehler aus dem sequentiellen Rechenlauf der parallelen Installation.


!


!
! <A> <ALGELINE5_27> !
! !
! la valeur du shift 1.000000 est une fréquence propre !
! !
! !
! Ceci est une alarme. Si vous ne comprenez pas le sens de cette !
! alarme, vous pouvez obtenir des résultats inattendus ! !
!
!

ON DIMINUE LA BORNE MINIMALE DE: 1.00000E+00 POURCENTS
LA BORNE MINIMALE DEVIENT: 9.94987E-01

!
!
! <EXCEPTION> <DVP_2> !
! !
! Erreur numérique (floating point exception). !
! !
! !
! !
! Il y a probablement une erreur dans la programmation. !
! Veuillez contacter votre assistance technique. !
!
!


Destruction du concept ''.

!
!
! Liste des alarmes émises lors de l'exécution du calcul. !
! !
! Les alarmes que vous avez choisies d'ignorer sont précédées de (*). !
! Nombre d'occurrences pour chacune des alarmes : !
! ALGELINE5_27 émise 1 fois !
! CALCULEL2_63 émise 5 fois !
! ELEMENTS4_80 émise 5916 fois !
! SUPERVIS_1 émise 1 fois !
!
!


Ich habe die Nacht viele Stunden den Fehler in meinem Modell gesucht. Nur da war keiner, wie sich jetzt herausstellt.

Was passiert da? Über Tipps und Infos wäre ich sehr dankbar.

Gruß und Dank Markus

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Jules Saliège
Attachments:
Last edit: 9 years 1 month ago by MGolbs.

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9 years 1 month ago - 9 years 1 month ago #6648 by RichardS
Replied by RichardS on topic Re: CA 10.7 parallel Debian7 - make ptscotch

MGolbs wrote: Wo soll die config.txt liegen? Unter /opt ist nichts zu finden.


Die Datei liegt in opt/aster/PAR10.7. Die müsstest du eigentlich angepasst haben, sonst ist es kein wunder,
dass auch PAR10.7 eine sequentielle version ist.

Gruß,
Richard

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Last edit: 9 years 1 month ago by RichardS.

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9 years 1 month ago #6649 by MGolbs
Hallo Richard,


dake für die Info. Wo bekommen ich die par-10-7-config-txt her? Es gibt ja im Paket keine Vorlage.


Soll ich die par-10-7-config-txt einfach mal nutzen?


Wo kommen die Probleme des sequentiellen STA10.7 her? Da passt doch irgend was nicht, wenn die STA10.7 aus dem Salomepaket problemos wie erwartet funktioniert.


Gruß und Dank Markus

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Jules Saliège

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